Trong thực tế, từ chuyện "đổ vỡ" tự chủ toàn diện tại 4 bệnh viện, cho đến các hệ lụy trong việc liên doanh, liên kết, máy đặt, máy mượn đang lộ rõ những bất cập trong tiến trình xã hội hóa ngành y tế. Mặc dù là một trong 2 bệnh viện đầu tiên triển khai tự chủ tài chính toàn diện, nhưng Bệnh viện Bạch Mai đã gặp nhiều khó khăn khi thực hiện xã hội hóa.